Vesien tila ja kunnostus

Noin neljäsosa Kuopion pinta-alasta on veden peitossa.  Suurimman osan vesipinta-alasta muodostavat suuret järvet, kuten Kallavesi, Suvasvesi, Syväri ja Suuri-Ruokovesi.  Suurten järvien ekologinen tila on suurimmaksi osaksi hyvä. Erinomaisessa tilassa olevaa vettä löytyy Suvasvedeltä. Pohjois-Kallaveden, Onkiveden, Maaninkajärven ja Suuren Ruokoveden tila on tyydyttävä. Pohjois-Savon vesienhoidon toimenpideohjelmassa vuosille 2022–2027 on esitetty useita toimenpiteitä, joilla tyydyttävä tila saadaan parantumaan.  
 
Hajakuormituksella suuri merkitys 
 
Fosfori on Kuopion järvissä ns. minimiravinne, joka määrää niiden rehevyystason. Osa vesistöihin huuhtoutuvasta fosforista on peräisin luonnonhuuhtoumasta ja ilman kautta tulevasta laskeumasta. Kallaveden–Sorsaveden alueella huuhtouman ja laskeuman osuus on reilu kolmannes, kun taas voimakkaammin kuormitetulla Iisalmen reitillä ne muodostavat vain neljäsosan fosforikuormasta. 
Ihmisperäisen fosforikuormituksen merkittävin hajakuormituslähde on maatalous, mikä näkyy esimerkiksi Maaningan alueen vesistöjen tilassa. Pistemäisiä fosforin lähteitä ovat taajamien ja teollisuuden jätevedenpuhdistamot, joista suurimpia ovat Lehtoniemen jätevedenpuhdistamo ja Savon Sellu Oy:n tehtaat. Pistekuormituksen osuus Keski-Kallavedelle tulevasta fosforista on noin 2 %.    
Typpi ei rehevöitä sisävesiä niin paljon kuin fosfori. Luonnonhuuhtouman ja laskeuman mukana tulee vajaa puolet Kuopion vesistöjen typpikuormasta. Maatalouden osuus on suuri maatalousvaltaisilla alueilla kuten Maaningalla. Pistemäisiä typen lähteitä ovat taajamien ja teollisuuden jätevedenpuhdistamot, joista suurimpia ovat Lehtoniemen jätevedenpuhdistamo ja Savon Sellu Oy:n tehtaat. Pistekuormitus aiheuttaa noin 13 % Keski-Kallaveden typpikuormituksesta.   
Jätevesien mukana vesistöihin joutuu eloperäisiä aineita, joiden hajotessa kuluu happea (ns. biologinen hapenkulutus, BHK). Kallaveden suurimmat BHK-kuormittajat ovat Savon Sellu Oy:n tehtaat ja Lehtoniemen jätevedenpuhdistamo.  Lehtoniemen jätevedenpuhdistamon BHK-kuormitus on pienentynyt huomattavasti 1990-luvun puolivälin tilanteeseen verrattuna. Savon Sellun kuormituksessa ei ole tapahtunut olennaisia muutoksia. 

Pienvedet
Kuopiossa on runsaasti myös pieniä vesialueita, jotka ovat herkkiä ulkoiselle kuormitukselle. Keskeisellä kaupunkialueella on useita kymmeniä kaupungin omistamia pieniä järviä ja lampia, joiden tilaa on osittain seurattu jo 1980-luvun puolivälistä saakka. Osassa niistä on tehty myös kunnostustoimia. Kaupunki seuraa pienvesistöjensä tilaa ja hoitaa niitä mm. kalanpoikasistutuksin ja hapetuksin. Pienvesistöjen hoitoa varten on laadittu erillinen pienvesien hoito-ja kunnostusohjelma.